L'analyse SNP Array révèle des caractères génomiques anormaux, y compris la copie neutre, perte d'hétérozygotie dans les oligodendrogliomes anaplasiques

Actualié 413 du 21/11/2012

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Article original PLoS One. 2012;7(10):e45950. journal.pone.0045950. 10 octobre 2012

L'analyse SNP Array révèle des caractères génomiques anormaux, y compris la copie neutre perte d'hétérozygotie dans les oligodendrogliomes anaplasiques.

Auteurs : Idbaih A., Ducray F, Dehais C, Courdy C, Carpentier C, de Bernard S, Uro-Coste E, K Mokhtari, Jouvet A, Honnorat J, Chinot O, Ramirez C, Beauchesne P, Benouaich-Amiel A, Godard J, Eimer S, Parker F, Lechapt-Zalcman E, Colin P, Loussouarn D, Faillot T, Dam-Hieu P, Elouadhani-Hamdi S, Bauchet L, Langlois O, Le Guerinel C, Fontaine D, Vauleon E, Menei P, Fotso MJ, Desenclos C, Verelle P, Ghiringhelli F, Noël G, Labrousse F, Carpentier UN, Dhermain F, Delattre JY, Figarella-Branger D,; Réseau POLA. Université Pierre et Marie Curie Paris 6, de de Centre Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle Epinière (CRICM), UMRS 975, Paris, France,; Inserm U 975, Paris, France,; CNRS, UMR 7225, Paris, France,; AP-HP, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, de du Service neurologie 2-Mazarin, Paris, France.

Résumé
Les oligodendrogliomes anaplasiques (AOD) sont des tumeurs gliales rares chez les adultes avec une relative homogénéité clinique, radiologique et histologique au temps de diagnostic mais dramatiquement les parcours cliniques des patients sont très différents, 25% décèdent avant 18 mois comme les patients avec glioblastome alors que 25% survivent au delà de 8 ans, comme les patients avec des tumeurs de bas grade. Les études ont identifié plusieurs caractères moléculaires anormaux avec une pertinence clinique ou biologique chez les oligodendrogliomes anaplasiques AOD (par exemple les translocations (1;19)(q10;p10), IDH1, IDH2, CIC et les mutations FUBP1). Pour mieux caractériser le comportement clinique et biologique de ce type de la tumeur, la création d'un réseau multicentrique national, nommé "Prise en charge des OLigodendrogliomes Anaplasiques (POLA), a été supporté par l'Institut National de Cancer (Inca). Les patients nouvellement diagnostiqués avec oligodendrogliome anaplasique et validé au niveau central avec leurs prélèvements biologiques (tumeur et sang) ont été inclus dans la base de données clinique POLA, une banque des tumeurs. Au niveau moléculaire, nous avons mené une analyse avec la méthod d'Analyse SNP Array (analyse des polymorphisme de nucléotide) en haute résolution sur 83 malades. En dépit d'une révision pathologique centrale prudente, les oligodendrogliomes AOD ont montré des traits génomiques hétérogènes. 82% des tumeurs oligodendrogliales ont des co-suppressions 1p/19q, alors que 18% conservent un modèle de chromosome distinct. De nouvelles anormalité focales, y compris des pertes homozygtes, les régions avec des amplifications ou des interruptions qui ont été identifiées. Des copies périodiques neutres de perte d'hétérozygocité (CNLOH) modulant l'expression du gène ont aussi été découvertes. CNLOH au locus de CDKN2A a été associé avec le silence de la protéine dans 1/3 des cas. De plus, la délétion homozygote de FUBP1 a observée dans un cas, ce qui suggère le rôle suppresseur de tumeur de FUBP1 dans les oligodendrogliomes anaplasiques AOD. Notre étude montre que les analyses génomiques et pathologiques des oligodendrogliomes anaplasiques AOD sont synergétiques pour détecter des sous-groupes cliniques et biologiques d'oligodendrogliomes anaplasiques.

Pubmed : 23071531

Vocabulaire :

SNP Array : c'est une analyse individuelle, sur un gène connu pour en connaître les polymorphismes sur les 2 chromosomes. SNP, Polymorphisme sur un simple nucléotide (base adénine ou guanine ou cytosine ou thymine+sucre+phosphate).
Transition : remplacement d'une base purique (Adenine, Guanine), par une autre base purique ou remplacement d'une base pyrimidique , Cytosine, Thymine) par une autre base pyrimidique. Les transitions sont 2 fois plus fréquentes que les transversions.
Délétion hétérozygote : c'est la perte dans une cellule de la fonction normale de l'allèle actif d'un gène, dans lequel l'autre allèle est inactif.
Délétion homozygote : c'est la perte de la fonction car les deux allèles identiques sont mutés.
Copie neutre de perte de l'hétérozygocité : l'allèle dominant est muté ou effacé.
FUBP1 : Far upstream element-binding protéin 1 est une protéine codée par un gène du chromosome 1 qui stimule c-Myc dans la différentiation cellulaire. c-myc est un acteur majeur de la prolifération cellulaire, souvent muté dans les cancers.