06/04/2019
GFME actualité 295

Un logiciel de Sloan-Kettering pour étudier les modules de développement du glioblastome

Actualité n° 295 du 23/02/2010

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Analyse automatique pour identifier les chemins au coeur du glioblastoe.

Cerami E, Demir E, Schultz N, LICENCIÉ ÈS SCIENCES Taylor, Ponceuse C. Centre de Biologie Sloan-Kettering Cancer Centre Commémoratif, New York, New York, États-Unis.

Origine
Le glioblastome est le type le plus courant et agressif des tumeur de cerveau chez les êtres humains et le premier cancer avec un profil génétique complet dressé sur cartographie à L'Atlas du Génome du Cancer (TCGA). Un défi important dans le génome à grande échelle est le projet TCGA Glioblastome, qui est la capacité de distinguer les mutations actives du cancer "conducteur" des mutations passives "passager".

Principales conclusions
Par opposition avec une approche purement en termes de fréquence, pour identifier les mutations du "conducteur" dans le cancer, nous proposons une approche automatisée pour identifier le caractère oncogenique du candidat et les gènes du conducteur. L'approche est basée sur l'hypothèse que les réseaux cellulaires contiennent des modules utilitaires, et que les tumeurs visent des modules spécifiques critiques à leur croissance. Les éléments clés dans l'approche incluent l'analyse combinée des mutations de la séquence d'ADN, les modifications du nombre de copies, l'usage d'un réseau dl'interactions moléculaires unique qui consiste en interactions protéine-protéine des chemins de signalisation, l'identification et l'estimation statistique des modules du réseau, c.-à-d. de groupes cohésifs de gènes d'intérêt avec une plus haute densité d'interactions dans les groupes qu'entre groupes.

Conclusions
Nous confirmons et étendons l'observation que les modifications des glioblastomes ont tendance à se produire dans des modules utilitaires spécifiques, malgré des variations considérables de malade à malade, et que 2 des plus grands modules impliquent une signalisation par p53, Rb, PI3K et les protéines kinases du récepteur. Nous identifions aussi de nouveaux candidats "conducteurs" dans le glioblastome, AGAP2/CENTG1, un oncogene putatif et un activateur du chemin PI3K. 3 modules supplémentaires considérablement modifiés ont impliqué l'organisation des microtubules. Pour faciliter l'application de notre approche supplémentaire sur ce cancer, nous rendons librement la méthode disponible comme partie d'un outil du logiciel appelé NetBox.

Pubmed : 20169195
PLoS One. 2010 Feb 12;5(2):e8918